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微生物學(xué)中的質(zhì)譜鑒定(MALDI-TOF)技術(shù)介紹

臨床診斷實驗室主要依賴于診斷感染的傳統(tǒng)表型方法,有時還依賴基因測序技術(shù)。技術(shù)的最新進展包括已進入日常微生物實踐的基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時間 (MALDI-TOF) 質(zhì)譜。MALDI-TOF 質(zhì)譜法產(chǎn)生特定的質(zhì)譜指紋,可以看作是微生物的獨特特征,有助于準(zhǔn)確識別屬和種水平——具有用于菌株分型的巨大潛力。


細菌鑒定

幾種利用 MALDI-TOF質(zhì)譜的方法現(xiàn)在正在微生物診斷實驗室中使用。一種方法將結(jié)果與市售質(zhì)譜特征數(shù)據(jù)庫進行比較以識別樣本細菌,第二種方法使用蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫從測序基因組中識別細菌中的生物標(biāo)志物質(zhì)量。   第二種生物信息學(xué)方法允許培養(yǎng)物生長和樣品處理條件的變化差異,而第一種方法在常規(guī)實驗室方法中特別有用,例如診斷,并且可以區(qū)分物種和亞種。

鑒于其準(zhǔn)確性,該技術(shù)還可以直接應(yīng)用于各種臨床樣本,最顯著的是血液、腦脊液、尿液、胸膜液和腹膜液。  由于當(dāng)前 MALDI-TOF 協(xié)議的檢測限制,主要限制是樣本中存在的細菌數(shù)量。 為了繞過這個缺點,通常需要大量的血液和尿液樣本,以及使用培養(yǎng)物作為血液的額外富集。


使用上述兩種方法中的任何一種使用 MALDI-TOF 質(zhì)譜法進行細菌鑒定的結(jié)果,診斷率和準(zhǔn)確性在很大程度上取決于細菌分類和所用數(shù)據(jù)庫的質(zhì)量。


使用 MALDI-TOF 技術(shù)鑒定細菌的主要優(yōu)勢之一是結(jié)果的快速可用性,通常在不到一個小時內(nèi)就可以準(zhǔn)備好。  此外,MALDI-TOF 質(zhì)譜法能夠精確鑒定具有稀缺表型特征并且在 MALDI-TOF 時代之前需要進行 16S rRNA 基因測序的大量細菌。


真菌鑒定

MALDI-TOF 質(zhì)譜法快速成功地用于真菌鑒定。  目前,該方法主要用于常規(guī)酵母鑒定,但需要進一步開發(fā)(尤其是在樣品制備協(xié)議和數(shù)據(jù)庫中)以將該方法用于其他真菌群(如皮膚癬菌和絲狀真菌)。


與細菌的情況類似,MALDI-TOF 質(zhì)譜法對真菌屬和種的錯誤識別或未識別本質(zhì)上是由于數(shù)據(jù)庫中的錯誤、缺失或不完整的參考光譜造成的。  缺點是目前包含在商業(yè)上可訪問的 MALDI-TOF 質(zhì)譜系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫中的參考光譜不完整。


質(zhì)譜鑒定MALDI-TOF優(yōu)勢

與傳統(tǒng)的微生物鑒定方法相比,MALDI-TOF 質(zhì)譜法在大多數(shù)情況下都能顯著縮短工程師/技術(shù)人員的工作時間(準(zhǔn)備樣品)和周轉(zhuǎn)時間(通過自動化分析程序獲得結(jié)果)。


質(zhì)譜鑒定應(yīng)用范圍

MALDI-TOF MS 用于各種行業(yè),包括生物制藥、有機化學(xué)、代謝組學(xué)和基因組學(xué),以及臨床和診斷和治療應(yīng)用。 在有機化學(xué)應(yīng)用中,MALDI-TOF 用于分析 核酸 、蛋白質(zhì)和聚合物質(zhì)量,以及識別寡核苷酸和小蛋白質(zhì)的復(fù)雜混合物,為生化和化學(xué)研究人員提供有用的信息。 MALDI-TOF MS 在促進患者快速診斷和改善健康結(jié)果方面發(fā)揮著至關(guān)重要的作用。 這方面的一個主要例子是它用于臨床微生物學(xué)的患者樣本中微生物的常規(guī)分類。


結(jié)論

總之,MALDI-TOF 質(zhì)譜法是一種引人入勝的微生物鑒定新技術(shù),它快速、高效、具有成本效益且易于使用。


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