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His標簽通常由6-10個連續(xù)組氨酸組成，His標簽能與二價金屬離子（如Ni2?或Co2?）形成配位鍵，從而與螯合的樹脂特異性結合，達到蛋白親和純化的目的。

通過咪唑來洗脫，蛋白純度一般，標簽也幾乎沒有促溶性，但是適用于原核、酵母、哺乳動物、昆蟲各類表達系統(tǒng)，并且成本非常低。

適用實驗場景：標簽小，干擾少，最通用，適合大多數可溶性蛋白。

Strep-tag II標簽由8個氨基酸（WSHPQFEK）組成的小標簽，與Strep-Tactin蛋白高度特異結合。

通過生物素進行溫和洗脫，單次純化的蛋白純度能達到90%以上，適用原核、酵母、哺乳動物、昆蟲各類表達系統(tǒng)，但成本很高。

適用實驗場景：洗脫最溫和，不影響蛋白活性，適合后續(xù)需保持蛋白功能的實驗。

MBP標簽是一種來源于大腸桿菌的天然蛋白，396個氨基酸殘基，分子量約為40 kDa。標簽結構中包含一個穩(wěn)定的β-折疊和α-螺旋結構域，形成一個深槽，可與麥芽糖或直鏈淀粉結合，從而實現目標蛋白的標記和分離。

通過麥芽糖進行洗脫，蛋白純度較高，也有很強的促溶性，尤其對于在原核表達系統(tǒng)中易形成包涵體的蛋白，MBP標簽往往能提高其可溶表達比例，因而在特定情況下具有較強的實用價值。

適用實驗場景：適合難溶性誘餌蛋白（MBP能顯著提升蛋白溶解度）；但標簽較大，需謹慎選擇。